Sir je još jedna važna komponenta istarske gastronomije, s različitim tradicionalnim sirevima koji se proizvode u regiji. Istarski sir često se proizvodi od ovčjeg ili kozjeg mlijeka, što daje poseban profil okusa na koji utječu lokalni pašnjaci i klima. Jedan od najpoznatijih je Istarski tvrdi sir koji se obično proizvodi od ovčjeg mlijeka. Poznato je po svom bogatom, orašastom okusu i čvrstoj teksturi, što ga čini savršenim pratiteljem pršuta i niza domaćih vina.

Još jedan poznati sir je Skuta, svježi sir nalik ricotti koji se pravi od sirutke ostale nakon izrade drugih sireva. Skuta je kremasta i blago pikantna i često se koristi i u slatkim i slanim jelima. U njoj se može uživati ​​samostalno, prelivena medom ili maslinovim uljem, ili ju dodati u peciva, tjesteninu i slastice. Proizvodnja sireva u Istri slijedi tradicionalne metode, a mnogi mali proizvođači drže se starih tehnika kako bi osigurali najvišu kvalitetu i autentičnost.